사모투자전문회사의 동업기업에 대한 조세특례 적용과 문제점 : 구상수·법무법인 지평지성 공인회계사

Ⅰ. 서언
2008년까지는 舊「간접투자자산 운용업법」(이하“간투법”)에따른 사모투자전문회사가 배당가능이익의 90% 이상을 배당할
경우 그 금액을 각 사업연도 소득금액에서 공제 받을 수 있었다.

또한, 사모투자전문회사의 법인세 과세표준이 배당가능이익을초과하는 경우에도 합자회사인 사모투자전문회사는 배당가능
이익을 초과하여 배당결의를 할 수 있으므로 법인세 과세표준에 상당하는 금액을 모두 배당으로 결의할 경우 실질적으로 법
인세를 부담하지 않는 것이 가능하였다. 그런데 2008년 12월26일 법인세법 개정시 사모투자전문회사는 배당소득공제를 적
용받을 수 있는 대상회사에서 제외되었다. 그 대신 사모투자전문회사는 2009년부터 조세특례제한법 제100절의3에 따라 동
업기업에 대한 조세특례 제도를 적용 받을 수 있게 되었다.

이렇듯 2009년 이후부터는 사모투자전문회사가 동업기업에대한 조세특례를 선택하지 않을 경우 일반 내국법인과 동일하
게 법인세를 부담해야 하므로 사모투자전문회사의 동업기업에대한 조세특례 제도의 적용은 선택이 아니라 필수적일 수밖에
없을 것으로 보인다. 이에 본고에서는 2009년 이후 사모투자전문회사가 동업기업에 대한 조세특례 제도를 적용함에 있어 고
려해야 할 사항 및 문제점 등을 살펴보고자 한다.

 

II. 본문

1. 등록시점에 따른 동업기업에 대한 조세특례의 적용

 

가. 2009년 1월 1일 이전에 등록한 사모투자전문회사

 

2009년 1월 1일 이전에 舊간투법 제144조의6에 따라 금융위원회에 등록한 사모투자전문회사가 2009년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일부터 1개월 이내에 동업기업에 대한 조세특례 제도의 적용을 신청한 경우 동업기업에 대한조세특례 제도를 적용받을 수 있다.

그때까지 신청하지 않은 경우 동업기업에 대한 조세특례 제도를 적용받을 수 없고, 해당 사모투자전문회사의 해산등기일이속하는 사업연도까지 종전의 규정에 따라 배당가능이익의 90%이상을 배당할 경우 배당소득 공제 규정을 적용받을 수 있다.

나. 2009년 1월 1일 이후에 등록한 사모투자전문회사

2009년 1월 1일 이후 등록한 사모투자전문회사가 동업기업에 대한 조세특례 제도를 선택 하고자 할 경우 그 특례를 적용받고자 하는 과세연도의 개시일 이전(설립일부터 적용 받고자하는 경우 설립일이 속하는 과세연도의 개시일부터 1개월 이내)에 동업기업 과세특례 적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 동업기업에 대한 조세특례를 신청한 경우 최초 적용받은 사업연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년이내에 종료하는 과세연도까지는 동업기업에 대한 조세특례 제도의 적용을 포기할 수 없다.

만약 동업기업에 대한 조세특례 적용 신청을 하지 않을 경우일반 내국법인과 동일하게 법인세 납세의무를 부담해야 한다.

그러나 일반 내국법인과 같이 법인세 납세의무를 부담하다가동업기업에 대한 조세특례 제도를 적용 받고자 할 경우 그 적용을 받고자 하는 과세연도의 개시일 이전에 동업기업에 대한 조세특례 제도를 신청하여 동업기업에 대한 조세특례 제도의 적용을 받을 수 있다. 그러나 기존 법인이 동업기업으로 전환 시준청산소득에 대한 법인세를 납부해야 한다

 

 

2. 사모투자전문회사의 동업기업에 대한 조세특례 적용 개관

가. 사모투자전문회사와 동업기업

동업기업이란 2명 이상이 금전이나 그 밖의 재산 또는 노무등을 출자하여 공동사업을 경영하면서 발생한 이익 또는 손실
을 배분하기 위하여 설립한 단체를 의미한다.

사모투자전문회사는 투자합자회사의 일종에 해당하나 공동사업의 성격을 가지고 있어 이익배당ㆍ손실배분의 자율성ㆍ유연성이 인정되어 동업기업에 대한 조세특례 제도의 적용을 인정하고 있다. 그러나 다른 집합투자기구 즉「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하‘자본시장법’)상 신종 집합투자기구인투자조합ㆍ투자익명조합ㆍ투자합자회사 등은 동업기업에 대한조세특례의 적용대상에서 제외된다.

나. 사모투자전문회사의 출자자(GP와 LP)와 동업자

동업자란 동업기업의 출자자인 거주자, 비거주자, 내국법인및 외국법인을 의미한다. 이러한 동업자는 능동적 동업자와 수동적 동업자(경영에 참여하지 않고 출자만 하는 자)로 구분된다. 능동적 동업자와 수동적 동업자는 소득의 구분, 결손금의 배분 등에서 달리 취급되므로 구분의 실익이 있다.

사모투자전문회사의 사원은 무한책임사원(GP)과 유한책임사원(LP)로 구성된다. 동업기업에 대한 조세특례 적용 시 GP는 능동적 동업자로 취급되나, LP는 유한책임을 부담할 뿐 아니라 업무집행권이 없고 임원 취임이 불가능하여 경영에서 원칙적으로 배제되므로 수동적 동업자로 분류된다.

다. 사모투자전문회사의 동업기업에 대한 조세특례 제도

동업기업에 대한 조세특례 제도란 동업기업을 도관으로 보아동업기업에서 발생한 소득에 대해 동업기업 단계에서는 과세하
지 않고, 동업기업의 구성원인 동업자에게 소득을“배분”시켜동업자에게만 소득세 또는 법인세를 과세하는 제도를 말한다.
따라서 사모투자전문회사의 경우 사모투자전문회사 자체에 대해서는 소득세 또는 법인세를 부과하지 않고, 동업자인 GP와
LP에게 소득을 배분하여 GP와 LP만이 소득세 또는 법인세를부담한다.

동업기업에 대한 조세특례 제도와 관련하여“배분”과“분배”라는용어의구분이중요하다.“ 배분”이란동업기업의소득금액또는 결손금을 동업기업의 각 과세연도 종료일에 자산의 실제“분배”여부에 관계없이 동업자의 소득금액 또는 결손금으로 귀속시키는것을의미하고,“ 분배”란동업기업의자산을동업자에게 실제로 이전하는 것을 의미한다.

라. 손익배분비율의 결정

일반적인 동업기업의 경우 손익배분비율은 동업기업 소득의계산 및 배분 명세 신고 시 신고한 약정 손익배분비율을 적용하
는 것이나, 조세회피의 우려가 있다고 인정되는 경우 직전 과세연도의 손익배분비율을 적용하고, 어느 동업자와 특수관계자인다른 동업자의 출자지분의 합계가 출자총액의 50%를 초과하는경우 그 동업자간에는 지분비율을 손익배분비율로 한다.

그러나 사모투자전문회사의 경우 정관, 약관, 투자계약서에서 정한 비율, 순서 등에 따라 결정된 이익배당, 손실배분 비율을 약정 손익배분비율로 신고할 경우 조세회피 우려 사유에 관계없이 해당비율을 적용한다.

마. 동업기업의 소득계산 및 배분절차

동업기업의 소득계산 및 배분절차는 3단계로 구분할 수 있다.먼저 1단계는 동업자를 네 개의 동업자군(거주자, 비거주자, 내
국법인, 외국법인)으로 구분하여 각 동업자군별로 동업기업을각각 하나의 거주자, 비거주자, 내국법인, 외국법인으로 보아 소득세법 또는 법인세법에 따라 계산한 소득금액 또는 결손금을계산하는 단계를 의미한다. 2단계는 1단계에서 계산된 동업자군별 동업기업 소득금액에 동업자군별 손익배분비율의 합계비율을 곱하여 동업자군별 배분대상 소득금액을 계산하게 된다.마지막으로 3단계에서는 2단계에서 산출된 동업자군별 배분대상 소득금액을 각 동업자들의 손익배분비율에 비례하도록 배분한다.

한편, 동업기업의 결손금은 해당 과세연도 종료일 현재 해당동업자의 지분가액을 한도로 배분하고, 배분한도 초과결손금은
10년간 이월배분을 허용한다. 다만, 수동적 동업자에게는 결손금을 배분하지 아니한다.

 

바. 동업자(GP와 LP)가 배분받은 소득금액의 구분

GP는 사모투자전문회사의 과세연도 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 배분받은 소득금액 또는 결손금을 소득세법 또는 법인세법상 구분에 따라 GP의 익금 또는 손금으로 본다. 반면, 수동적 동업자인 LP의 경우결손금을 배분받지 아니하고 배분받은 소득금액을 모두 배당소득으로 본다.

사. 세액의 계산 및 배분

 

동업기업은 각 과세연도 종료일에 동업기업 관련 세액(세액공제, 세액감면, 원천징수세액 등)을 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분하여야 한다. 동업기업 관련 세액은 동업기업을 하나의 내국법인으로 보아 계산한다. 동업자는 배분받은 세액을동업기업의 과세연도 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는법인세를 신고 납부할 때 공제한다.

다만, 원천징수세액의 경우 (i) 거주자ㆍ비거주자ㆍ외국법인이 수동적 동업자의 경우, 또는 (ii) 거주자인 동업자(수동적 동
업자는 제외)로서 배분받은 소득금액이 이자소득, 배당소득, 기타소득에 대한 수입금액으로 구분되는 경우에는 해당 동업자가
배분받은 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 원천징수 할 때 해당 세액에서 공제하되, 배분받은 원천징수세액이 동업기업이
원천징수할 세액을 초과할 경우 그 초과금액은 소멸한다.